Beliau sudah aktif berorganisasi sejak kuliah sebagai ketua Senat Mahasiswa Fakultas Tarbiyah IAIN Imam Bonjol Padang, lalu merintis karir di Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (IMM) sebagai ketua Pimpinan Cabang IMM Kota Padang (1977-1979) dan Wakil Ketua Dewan Pimpinan Daerah (DPD) IMM Sumatera Barat (1978-1979).
Di Muhammadiyah menjabat sebagai wakil ketua Majelis Tabligh dan Dakwah Khusus PP Muhammadiyah periode (1995-2000), ketua Majelis Tabligh dan Dakwah Khusus PP Muhammadiyah periode (2000-2005), ketua PP Muhammadiyah sejak periode (2005-2010) sampai (2015-2020), dan karena kepakarannya beliau diangkat menjadi ketua Majelis Ulama Indonesia (MUI) Pusat sejak 2005 sampai 2015, serta menjadi wakil ketua umum MUI Pusat (2015-2020).
Bukan hanya bertabligh, Buya Yunahar juga menuangkan pemikirannya ke dalam bentuk tulisan. Banyak karya almarhum yang dijadikan rujukan bagi mahasiswa di Perguruan Tinggi Muhammadiyah, diantaranya adalah Kuliah Aqidah Islam, Kuliah Akhlaq, Tafsir Tematis Cakrawala Al Qur’an.
Feminis dalam kajian Tafsir Al Qur’an Klasik dan Kontemporer, Akhlaq Masyarakat Islam, Konstruksi Pemikiran Gender dalam Pemikiran Mufasir, Kisah Para Rasul yang diterbitkan berkala di Majalah Suara Muhammadiyah, Kesetaraan Gender dalam Al Qur’an, Studi Pemikiran Para Mufasir, dan Tipologi Manusia dalam Al Qur’an.
Kini, lelaki putra pasangan H. Ilyas (meninggal 1995) dan Hj. Syamsidar (meninggal 1988) itu sudah menghadap Yang Maha Kuasa. Beliau meninggalkan istri bernama Hj. Liswarni Syahrial dan empat putra-putri; Syamila Azhariya Nahar, Faiza Husnayeni Nahar, Muhammad Hasnan Nahar, dan Ihda Rufaida Nahar.
